María Amalia Goyri y Goyri nació en 1875 en Bilbao, pero vivió desde los cinco años en Madrid. Sus primeros estudios los hizo en casa, aunque asistía a clases de gimnasia y de dibujo. Con doce años ingresó en la Asociación para la Enseñanza de la Mujer y se matriculó en la Escuela de Comercio.
Asistió a la Facultad de Filosofía y Letras durante el curso 1891-1892 sin matricularse, pidiendo un año más tarde autorización al Ministerio de Fomento para que se abra una matrícula femenina. Se le concede, pero con la condición de no permanecer en los pasillos y entrar en el aula junto al catedrático y sentarse en una silla aparte, junto al profesor, durante la clase. Fue la primera estudiante oficial de Filosofía y Letras de la universidad española; la primera universitaria, y primera doctora en medicina, fue Martina Castells. Fue también alumna de la Escuela de Estudios Superiores de Ramón Menéndez Pidal, con quien se casó en 1890 o 1900.
En su viaje de novios recorrieron la ruta del Cid recopilando romances. Tuvieron dos hijos, Jimena y Ramón. Además de prestar una inestimable colaboración en la obra de su marido y realizar sus propios estudios, participó en las tareas docentes del Instituto Escuela de segunda enseñanza, creado en 1918 y dirigido por María de Maeztu, redactando los programas de enseñanza del español para niños de ocho a diez años, siendo nombrada el 23 de octubre de 1933 vocal del Patronato de dicha institución, de la Junta para la Ampliación de Estudios.
Murió a los ochenta años de edad en Madrid, en 1955.